El CIMAT es una entidad paraestatal perteneciente al Sistema de Centros Públicos del CONACYT. Su actividad se rige por lo señalado en la Ley de Ciencia y Tecnología, entre otras que rigen la actuación de la administración pública federal, además de sus propios Estatutos.

Para su organización, funcionamiento y observación, el CIMAT tiene un Órgano de Gobierno integrado por dos órganos rectores: la Asamblea General y el Consejo Directivo; además de los órganos colegiados responsables de comisiones específicas. Aquí pueden consultarse la conformación y atribuciones de cada uno de ellos, así como los resultados de las evaluaciones del Centro.